Entre les propostes de difusió del CEM destaca la celebració anual de la Jornada de portes obertes que té lloc cada any a finals del mes de juliol al jaciment de Santa Margrida, coincidint amb la campanya d'excavacions. La visita a l'excavació es complementa amb una presentació centrada en alguns dels aspectes que posa a la llum la investigació en aquest jaciment i s'acompanya de l'edició d'un fulletó específic que es lliura als assistents.

Durant l'any, ja sigui coincidint amb alguna data destacada o bé amb la celebració del Dia Internacional dels Museus, les Jornades Europees del Patrimoni o la Setmana de la Ciència, s'organitzen activitats que es complementen amb itineraris o visites comentades.