Des del primer moment el CEM ha tingut una especial preocupació i interès per les innovacions tecnològiques i metodològiques aplicades a la recerca històrica i arqueològica.
L'excavació arqueològica a Santa Margarida de Martorell va ser el primer jaciment medieval de Catalunya on es va aplicar el mètode d'excavació per extensió i de registre d'acord amb les propostes d'Eduard C. Harris, ja des de 1981.
Ben aviat el CEM va incorporar el suport informàtic al registre arqueològic amb el desenvolupament de sistemes de bases de dades i la utilització, ja des de 1992, dels Sistemes d'Informació Geogràfica, encetant una línia que ha dut fins a la col·laboració amb empreses i universitats i que culmina amb la participació en el projecte SigArq.
També el CEM ha estat capdavanter en l'aplicació de tècniques de prospecció, sent un dels primers en la realització de prospeccions geofísiques mitjançant diverses tecnologies, especialment geoelèctriques i georadar.
Exemple de prospecció mitjançant georadar a Santa Margarida de Martorell
Des de fa tres anys també ha incorporat la tecnologia digital per a la documentació i estudi de materials arqueològics i en especial l'aplicació d'escàner tàctil per al dibuix.
Darrerament la utilització de la fotografia digital, obtinguda tant mitjançant càmera convencional com mitjançant imatges aèries obtingudes amb dron, ha obert el camí a la utilització de la fotogrametria terrestre i la generació d'imatges 3D, tant pel registre arqueològic com per a la difusió.
Exemple d'utilització de fotogrametria terrestre i generació d'imatges 3D